En sus comienzos, la hoy Escuela de Matemáticas fue concebida como el Departamento de Matemáticas y Física, cuyo objetivo, entre otros, era el de ofrecer las asignaturas correspondientes en el área de las ciencias a los programas de ingeniería, con los cuales nació la UIS. Años después dicho Departamento se dividió en dos, en el Departamento de Matemáticas y en el Departamento de Física. Posteriormente, una vez se establece la Facultad de Ciencias, pasa a ser el Departamento de Matemáticas.
Con esta identidad desarrolla sus actividades hasta cuando, por medio del Acuerdo Nº 057 de septiembre 7 de 1994 "Por el cual se reforma la Estructura Organizacional de la Universidad Industrial de Santander", expedido por el Consejo Superior, se convierte en la Escuela de Matemáticas.
Hoy en día, la Escuela de Matemáticas cuenta con 22 profesores de planta y 51 de hora cátedra, 332 estudiantes cursando el programa de Licenciatura en Matemáticas, 25 cursando la Especialización en Educación Matemática, 2 empleados administrativos y atiende una población aproximada de 7000 estudiantes de pregrado a través del ofrecimiento de 184 cursos correspondientes a las materias que se cursan en los programas de pregrado.