El programa de Maestría en Matemáticas busca cumplir, principalmente dos objetivos:
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Participar en la solución de diversos problemas teóricos que surgen en las matemáticas contemporáneas, y coadyuvar en la solución de problemas prácticos que surgen en diversas ramas de la ciencia y la tecnología, bien sea dentro de la investigación que se realiza en la Universidad misma o por necesidades de entidades externas.
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Reforzar en áreas especializadas de las matemáticas la formación general recibida en el pregrado, de modo que se pueda iniciar un trabajo serio de investigación en alguna de ellas, a través de programa de doctorado, bien sea dentro de las mismas matemáticas o para resolver problemas concretos de la ciencia y la tecnología.